L'atmosphère du monde de Final Fantasy 2 est des plus saines, jusqu'au jour où l'Empire Paramekian devient assoiffé de pouvoir.
L'empire lâche alors une horde de monstres sur la terre, et fait preuve de sa supériorité, n'autorisant quoi ou qui que ce soit à se mettre en travers de son chemin. Beacoup de civils innocent sont tués, certains de manières des plus horribles. Parmi eux font partie les parents de quatre adolescents, Frionel, Maria, Guy et Lionheart (les fans de ff8 pourront le considérer comme l'ancêtre de Squall). Ces quatres jeunes seront boulversés et leur seul but dans leur vie deviendra celui de venger leurs parents et rétablir la paix dans le monde.
Au début du jeu, ce petit groupe est attaqué par des chevaliers noirs de l'infâme Empereur de Paramekian. Il s'agira d'une lutte à sens unique et nos héros ne feront pas le poids face à l'empleur et la force de leurs ennemis...
C'est alors que Frionnel se réveillera dans une chambre soigné par un magicien blanc. Il retrouvera rapidement deux de ses compagnons, Lionheart étant mystérieusement absent. Il ont été sauvés par les hommes du roi de Phi, et spnt maintenant retranchés dans la ville d'Altéa pour mener une organisation rebelle.
Avec l'aide du roi, ils mèneront la rebellion. C'est à partir de ce moment que l'intrigue se développe et que les missions se succèdent. Au milieu de l'aventure, la troupe fait la connaissance de Cid (où l'on retrouve de nom dans les épisodes suivants, notamment le VI, VII, VIII et IX).